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让中国粮装上“中国芯”!这本“天书”正被破译

2026-4-30 16:46| 发布者: 如风

摘要: 四月的三亚,日光灼热。位于崖州区的试验田里,科研人员正在与时间赛跑。为加快获取足量的种子样本,他们紧锣密鼓推进水稻、小麦、玉米、大豆四大主粮作物的扩繁工作。未来几个月内,这些扩繁的种子会被播种到全国四 ...
四月的三亚,日光灼热。位于崖州区的试验田里,科研人员正在与时间赛跑。

为加快获取足量的种子样本,他们紧锣密鼓推进水稻、小麦、玉米、大豆四大主粮作物的扩繁工作。未来几个月内,这些扩繁的种子会被播种到全国四大主粮主产区试验点,“天书计划”大规模田间数据收集工作也将由此启动。

在三亚进行扩繁的玉米。

作物种质资源“天书计划”通过筛选核心种质、高深度测序、标准化田间农艺性状以及环境数据采集等手段,打造四大主粮作物“基因型—表型—环境型”三型合一的作物种质高质量数据集,旨在解决智能育种标准化数据供给不足的瓶颈问题。

种业是国家战略性、基础性核心产业。目前,我国已建成国际一流的农作物、畜禽、海洋渔业三大国家种质资源库,资源保存总量居世界第一。今年政府工作报告明确提出深入实施种业振兴行动。“天书计划”的实施,对实现种源自主可控意义深远。

近日,科技日报记者专访了“天书计划”核心团队,深入探访这一“种质解码工程”要破解的核心命题。

1

高深度测序突破解码难题

作物种质资源承载着作物的遗传密码,是携带作物遗传信息、具有实际或潜在利用价值的珍贵遗传材料。

“这些种质资源就像一本记录了农作物生长奥秘的‘天书’,字里行间藏着作物高产、抗逆、优质的关键密码,但因缺乏深入解码而难以被高效利用。”中国科学院院士钱前颇为遗憾。

联合国粮农组织的数据显示,截至2024年底,全球保存的农作物种质资源超过600万份,但利用率不到10%。

为提升种质资源的利用率,2023年2月,由中国农业科学院作物科学研究所联合腾讯公司等共同发起“天书计划”1.0,搭建了服务精准育种的种质资源遗传信息数字化平台。

2025年5月,“天书计划”2.0正式启动,主要面向水稻、小麦、玉米和大豆四大粮食作物,构建种质资源标准数据集,为智能辅助育种提供关键支撑。

豆类多样性种质资源。

“‘天书计划’的目标不仅是要获取种质资源的基因信息,还要深度挖掘三型对齐的标准数据集,弄清楚这些基因信息背后的深层次关联。”“天书计划”负责人、中国农业科学院作物科学研究所所长周文彬告诉记者,“可以说,我们既要读懂种质基因信息这本‘天书’,又要知道‘天书’为什么这样写。不仅知其然,还要知其所以然。”

计划启动之初,团队被一个看似简单却极具挑战的问题困扰:面对众多种质资源及遗传信息,究竟要挑选哪些种质进行解码?

经过数次讨论,团队达成共识:首先以目前已有精准鉴定项目获得的基因型信息为基础,从20多万份粮食作物种质资源中,筛选出1万余份有代表性的核心种质。

“这样既降低了测序和表型调查的成本,又能最大限度保留遗传多样性。”负责技术核心工作的中国农业科学院作物科学研究所研究员贺强介绍,筛选并非简单的“抽样”。核心种质的筛选有着严格的科学标准——需覆盖该作物95%的遗传多样性,同时兼顾地理分布、特异性状等因素。这些种质将成为后续开展深度研究的“代表队”。

筛选出核心种质后,团队再采用高深度全基因组重测序技术对其进行解码。

“若将基因组比作一部图书,传统的低密度测序如同快速翻阅目录与章节概要,重在梳理整体脉络、掌握全貌;高深度测序则是深度精读,对关键片段逐段解析、细致比对,精准捕捉字里行间的细微差异与隐秘信息。”钱前解释。

“目前,小麦全基因组高深度测序能获取最高达15G的遗传信息,数据信息较此前提升约25万倍。”贺强表示,这相当于从“看清长相”迈向“看清每一个细节”,将有助于精准锁定遗传变异的关键线索。

小麦种子被放进播种机。新华社发(董军 摄)

目前,“天书计划”已完成核心种质的测序方案制定,预计将产生数百TB的基因型数据。“这些数据不仅能深度评估我国主粮作物种质资源的遗传多样性,更能为后续的高效基因挖掘和智能辅助育种打下坚实基础。”周文彬表示,未来随着资金量和技术水平的提升,解码将逐步扩展到全部的粮食作物种质资源。

2

打造高质量育种数据集

解码基因信息,只是破译“天书”的第一步。

每一份种质特点的形成,既与基因信息有关,也和其生长环境密不可分。“什么基因型背景、在什么环境下产生什么表型,这是育种研究中最难以回答的问题。”周文彬说,这有点像“橘生淮南则为橘,生于淮北则为枳”。

“前些年,我们研发了一个表现突出的玉米种质资源,它在育种前期的小区试验中展现了高产、稳产、抗病等优异特性,具备较强的应用潜力。但当其进入后期区试阶段,被种植到不同地点、不同气候和土壤条件下时,却出现了产量表现不稳定、结实率波动较大的问题,最终未能实现大面积推广。”玉米育种专家、中国农业科学院作物科学研究所研究员黎亮表示,“如果在早期就能利用相关数据进行预测,或许可以更好地规避这类问题。”

为破解这一长期困扰科研人员的育种难题,“天书计划”团队把目光聚焦到“三型数据对齐”上。

“‘天书计划’的核心就是要构建大规模‘基因型—表型—环境型’三型合一的标准化数据集。”贺强说,他们的目标是让每一份核心种质的遗传信息、生长表现和生长环境都能精准对齐,形成可追溯、可复用的标准化数据集,为精准育种提供数据支撑。

这是一项仅在实验室无法完成的工作。表型数据和环境数据的动态采集,需要科研团队与土地、气候和时间打交道。

在收集表型数据的田间试验环节,团队在全国四大主粮主产区布局了4个试验点,覆盖东北、华北、华南等不同生态区,计划用2年时间完成核心种质的表型鉴定。表型鉴定的内容涵盖生育期、株高、抗病、耐逆、产量、品质等几十个关键性状,每个性状的数据采集都有严格的标准化流程。

如今,收集表型数据有了更多自动化技术的加持。在河南新乡的试验点,科研人员利用高通量表型采集平台,包括无人机多光谱成像和地面激光雷达,对数千份小麦材料进行全天候监测。例如,在遭遇突发干热风天气时,系统自动记录不同品种的叶片萎蔫程度和冠层温度变化。将这些数据与传统人工记录相结合,研究人员可精准锁定作物的细微变化。这是过去单纯靠肉眼观察难以发现的。

工作人员在黑龙江寒地作物种质资源库内查看种质情况。新华社记者 张涛 摄

环境数据的收集同样注重自动化、标准化。团队在每个试验点安装自动化气象站,实时收集温度、降水、日照、风速等数据;利用土壤多参数传感器技术,同步记录土壤的盐分、pH值、肥力等指标。这些数据将与基因型、表型数据一一对应,构建起完整的数据集。

贺强介绍,标准化数据集的价值在于实现“一次收集、多次复用”。依托这套数据集,育种家可直接通过平台检索,锁定携带目标基因的种质资源,进而精准开展杂交组配,大幅减少大规模田间筛选的工作量,显著提升育种效率。

目前,“天书计划”团队已完成田间试验点选址和表型鉴定标准制定工作,即将在全国粮食主产区的4个试验点启动大规模田间播种和数据收集工作。

3

从经验驱动转向数据驱动

“天书计划”形成的海量标准化数据,是为了一个更宏大的目标作准备。

传统育种中,一个品种的选育至少需要十代甚至更久,如果远缘杂交育种在十代后性状还固定不了,那就意味着选育工作需要十年以上。

对此,中国农业科学院作物科学研究所研究员、小麦种质资源学家李立会深有感触。为培育多花多粒、抗性优异的小麦品种,他带领团队扎根中原大地37年,成功研发出我国首个普通小麦与冰草属间远缘杂交新品种“普冰03”。“传统育种就像‘大海捞针’,是不断尝试、反复试错的过程。可能杂交1万个组合,才能选出1个优良品种。”他说。

钱前表示,靠经验和时间积累育种是个漫长又充满不确定性的过程。尤其是在当前气候变化加剧、病虫害频发的背景下,传统育种周期长、效率低的瓶颈日益凸显。面对资源约束、环境压力等挑战,智能育种已成为全球农业前沿科技的热门方向。

智能育种的核心是数据驱动,有了标准化的三型数据集,结合人工智能算法,就能训练育种预测模型,实现定向设计品种。周文彬介绍,“天书计划”相关数据,未来将并入全国农作物种质资源信息平台,为育种家申请种质资源以及开展基因挖掘、品种表型预测和组合设计提供重要参考。通过算法和模型辅助经验筛选,科研人员在进入田间之前或种苗早期就能提前识别有潜力的材料,更早更集中地投入力量,让育种不再是“靠时间给答案”。

“比如,要培育适合黄淮海地区的玉米品种,未来只需输入当地的环境数据如温度、降水、土壤条件,以及目标性状如高产、抗病、抗倒,模型就能推荐最优的亲本组合和育种方案。”贺强介绍,这将大幅缩短育种周期,原本需要8年—10年的品种培育过程,有望缩短至3年—5年。

玉米种质资源。

作为公益支持方,腾讯可持续社会价值副总裁肖黎明表示,针对农业数据多源异构、噪声大的特点,腾讯也在探索利用人工智能等数字化技术,加速“天书计划”的实施。

“未来的育种,将是‘经验+数据’的结合,既保留育种家的实践智慧,又借助技术手段提高效率。”周文彬说,“我们的未来目标是打造一个开放、共享、智能的育种平台,降低育种门槛,加速育种进程,让科技更好地服务于农业现代化。”

平台不仅可对国内科研院所开放,也将有条件地向企业开放。“研究团队可上传自己的育种数据和模型,实现数据共享、模型共建。”周文彬表示,目前,该计划数据管理办法正在制定中。

“不远的将来,利用人工智能模型预测优良基因组合,可实现定向、快速育种,破解育种‘卡脖子’难题,让中国粮装上‘中国芯’。”钱前表示,“天书计划”不仅是一项数字化工程,更是一项创新引擎工程,它将推动我国种业从“经验驱动”向“数据驱动”转型。破译这本承载着作物遗传密码的“天书”,将为中国未来育种带来无限可能。



延伸阅读


“破译”好种子需要迈过三道关


马爱平


高深度测序、三型数据对齐、AI模型预测……这些前沿技术正合力破解育种“卡脖子”难题,推动种业从“经验育种”向“精准育种”加速迈进。


在走访科研院所、种业企业的过程中我了解到,智能育种是一项系统工程,从“解码天书”到真正实现精准育种,仍面临着几道不容忽视的“隐形关卡”,每一道都需要久久为功。


第一道关卡,是数据“量”与“质”的鸿沟。目前,我国种业数据仍存在“孤岛”现象:科研院所、种业企业、高校各自积累数据,缺乏统一的标准和共享机制。比如,有的数据格式不兼容,有的数据则因观测标准不一而缺乏利用价值。


针对这一痛点,农业农村部指导建设的全国农作物种质资源信息平台已上线试运行。该平台整合了资源普查、精准鉴定等全流程信息,为打破数据“孤岛”、实现高效共享迈出了关键一步。


第二道关卡,是算法“黑箱”与“可解释性”的挑战。如果AI的决策过程如同“黑箱”,无法清晰解释其推荐是基于哪些关键基因、性状位点、环境因子的影响,那么育种家就难以完全信任并采纳其方案,甚至可能因误判而错失优良品种。


中国农业科学院作物科学研究所等科研团队,相继提出Cropformer等可解释深度学习框架,打破人工智能在育种领域的“黑箱”壁垒。通过引入可解释建模策略,可帮助育种家理解模型决策背后的生物学依据,进而做出精准育种决策。


第三道关卡,是复合型人才匮乏。海量数据的挖掘与智能模型构建,离不开农业育种、生物技术、人工智能等跨学科人才的支撑。但现实是,成熟的人才培养和输送体系尚未形成,兼具农学与AI能力的复合型人才严重短缺。


去年,中国农业科学院与哈尔滨工业大学签署合作协议,共建农业人工智能学院。根据协议,农业人工智能学院为哈工大正式建制的二级教学科研机构。这一合作范式,为打通学科壁垒、培养跨领域人才提供了新路径。


精准解析种质资源是破解育种难题的一把“金钥匙”,只有让数据“活”起来,算法“明”起来,人才“聚”起来,政产学研多方发力,才能将精准育种的蓝图化为现实。




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