1. 乘客合法权益难以保障
非法营运车辆往往存在逾期未检验、逾期未报废等问题，基本无法达到安全技术标准要求，长期在高速公路上跨省行驶存在极大安全隐患。此外，非法营运方无法为乘客投保承运人责任险等必要保险，一旦发生交通事故，乘客合法权益也得不到保护。
2022年3月7日，王某群驾驶一辆非法营运小型普通客车，在汕昆高速上行线小喜村收费站路段加速行驶时侧翻，造成一起1人死亡2人受伤的交通事故。
2. 驾驶人安全意识差
非法营运车辆的驾驶人通常来说并不具备驾驶正规营运车辆的资质，安全意识较差。还有一些驾驶人是临时雇佣的，其对行驶路线不熟悉、缺乏经验，一旦遇到紧急情况，这些驾驶人往往无法采取正确的应急措施，容易造成严重后果。
2024年8月18日，一辆非法营运的顺风车追尾因事故横跨多个车道的重型厢式货车，造成小车上3人死亡2人受伤。
3. 缺乏监管，加剧危险
非法营运车辆缺乏有力的监督管理，营运方往往追求经济效益选择多拉赚钱，将交通安全抛之脑后。尤其是跨省跑长途的非法营运车辆，驾驶人疲劳驾驶、超员搭载、超速行驶等违法行为更为突出。
2021年1月26日，一辆搭载务工返乡人员的非法营运面包车（核载7人，实载14人）与前方一辆轻型自卸货车追尾相撞，造成7人死亡、7人受伤。经调查，面包车驾驶人涉嫌非法营运、非法改装以及严重疲劳驾驶；轻型自卸货车存在严重超载违法行为。
